Setene i Amarok tilbyr alle passasjerer den kjente Volkswagen-komforten. Avhengig av utstyrsversjon, er forsetene justerbare i 8 eller 10 retninger.
Fra basisversjonen «Life» og oppover har setene alltid justerbar korsryggstøtte. Fra «Style» og oppover leveres setene med elektrisk justering av korsryggstøtten, lengde, høyde, ryggvinkel og setevinkel.
Med 879 mm benplass og 1 381 mm skulderbredde tilbyr baksetet i dobbeltkabinen plass for tre voksne. De som ønsker å bruke plassen til å frakte andre ting, kan vippe setet opp.
At Amarok er en pickup i premiumsegmentet viser seg også i setene og både fører- og passasjerseter er ergonomisk utformede. Sitteflaten i «Style»-utgaven har «ArtVelcours»-mikrofleece som standard, mens det benyttes både elegante og hardføre skinnseter i «PanAmericana» og «Aventura».